Après des études en flûte moderne où il obtient son Diplôme d'Etat (D.E), Boris KAPFER étudie la musique ancienne au Conservatoire Royal Supérieur de Musique de Den Haag (La Haye, Pays-Bas) dans la classe de Wilbert Hazelzet et obtient l'Advanced Certificate Bacchelor of Music avec la mention très bien à l'unanimité.

Il a travaillé successivement auprès de Serge Saïtta, Marc Hantaï, Jan DeWinne et Barthold Kuijken.

En 2001, il crée son propre ensemble sur instruments d'époque, LE SALON DE MUSIQUE. L'ensemble se produit dans de nombreux festivals en France et à l'étranger : Algérie, Allemagne, Belgique, Hollande, Italie, Japon, Pologne, Portugal, Suisse.

LE SALON DE MUSIQUE a été sélectionné par le Département et le Conseil Général du Rhône dans le cadre de ses "Saisons Culturelles 2005" et pour ses prochaines "Saisons Culturelles 2008".

Boris Kapfer est régulièrement appelé à travailler auprès d'ensembles de grande renommée comme Le Concert Spirituel , dirigé par Hervé NIQUET, L'Ensemble Vocal et Instrumental de Lausanne dirigé par Michel CORBOZ ou encore Matheus (victoire de la musique 2005), cet ensemble est dirigé par Jean-Christophe SPINOSI.

Boris KAPFER est par ailleurs chargé de cours à l'Université – La Doua et, dirige l'Orchestre d'Harmonie mais aussi l'Orchestre Symphonique de la Faculté des Sciences de Lyon.